Tras pasar cerca de nueve años vinculado al club, Ernesto Pedernera tomó la decisión de no continuar ligado tras ser informado de que no continuaría siendo el técnico de la Reserva.
Dirigía esta categoría desde agosto del 2023, reemplazando a Javier Patalano, tras dirigir la sexta de AFA, aunque de forma interrumpida. Esto porque en 2024, luego de la salida de Daniel Oldrá se hizo cargo del primer equipo empezando de forma interina y luego quedando fijo. No comenzó bien el 2025 por lo que volvió a la reserva y en primera asumió Esteban Solari.
Además de ser destituido como entrenador, habrían algunos manejos y formas en la estructura de inferiores que no le habrían cerrado del todo al ex DT, por lo que decidió desligarse completamente de la institución, tanto él como su cuerpo técnico.